Il principio di indeterminazione di Heisenberg è basilare per la meccanica quantistica. Afferma che è impossibile osservare con la medesima precisione la posizione e la quantità di moto di una particella. In effetti questo è come lo racconta un fisico, mentre per un matematico si parla più propriamente di principi di indeterminazione. Non è però questo a essere importante in questo momento, ma il fatto che il principio stesso può aprire una serie di possibilità narrative interessanti, nel momento in cui, seguendo quanto scritto da Schrodinger in Cos'è la vita?, si immagina una società in grado di influenzare la vita genetica di ciascun essere umano e quindi di guidare artificialmente l'evoluzione di tutta la specie.
Frank Herbert aveva già utilizzato il tema delle modifiche genetiche, seppur marginalmente, in Dune, romanzo uscito l'anno prima rispetto a Gli occhi di Heisenberg del 1966. In questo caso il punto di partenza è proprio la società su descritta, dove la classe medica ha anche alcune conoscenze, più o meno superficiali, di meccanica quantistica. Il motivo è semplice: il destino di ciascun nascituro viene deciso da un chirurgo che, all'inizio della formazione dell'embrione, interviene per sviluppare il suo potenziale e creare alla fine un individuo in grado di integrarsi perfettamente all'interno di una società stratificata, guidata dagli Ottimati, un gruppo di esseri umani praticamente immortali grazie alla genetica.
Herbert, però, utilizza il romanzo per anticipare una delle critiche più profonde mosse dalla società alla scienza, ma che in realtà va più correttamente, come fa lo scrittore, alla classe dirigente, ovvero l'uso arrogante della conoscenza e delle sue applicazioni, utilizzate per limitare lo sviluppo del genere umano, di fatto ostacolando e non accettando di essere modificati dall'evoluzione.
C'è poi un'altra osservazione, evidente se il romanzo viene letto da un punto di vista libertario: una qualunque struttura democratica è sempre e comunque destinata a limitare la libertà individuale in maniera sempre più intrusiva indipendentemente dalle intenzioni di chi guida questa struttura.
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