Il romanzo prende le mosse da casa Amici alla mezzanotte tra il 31 dicembre 1499 e il 1° gennaio 1500 quando il padre di Giovanni Battista Amici, protagonista del romanzo, viene velatamente minacciato dai rappresentanti della Chiesa in Calabria. Il contesto storico del Meridione, a quel tempo, era mutato da poco, con i francesi sconfitti e allontanati da quelle zone dai molto più cattolici spagnoli. Grazie a loro la mano dell'Inquisizione poté nuovamente allungarsi forte in una regione che già un secolo prima aveva prodotto idee eretiche grazie all'astronomo Tagliavia, anch'egli cosentino, che aveva in suo possesso le prove scientifiche del moto della Terra e degli altri pianeti intorno al Sole.
Il romanzo, infatti, ruota intorno a Giovanni Battista e al manoscritto di Tagliavia: l'interesse sempre crescente consiglia Idelfonso, padre di Giovanni, e Antonio Telesio, zio di Bernardino e, alla lontana, anche di Giovanni, di inviare i due giovani in quel di Padova a studiare, il primo filosofia e fisica, il secondo astronomia. Così Giovanni Battista, nella dotta Padova, va a studiare nel Cenacolo di Copernico, portando con sé il manoscritto di Tagliavia per poterlo allontanare dagli interessi della Chiesa e dell'Inquisizione.